Святитель Иона родился в конце XIVв. в Костромской земле, близ Солигалича в благочестивой христианской семье. С ранних лет мальчик стремился к иноческой жизни. В 12 лет он принял монашество в одном из местных монастырей, а затем перешел в Московский Симонов монастырь. Юный инок смиренно и усердно исполнял различные послушания, неукоснительно соблюдая заветы первых игуменов обители — святого Феодора, основателя монастыря, впоследствии архиепископа Ростовского (+1394; память 28 ноября/11 декабря), и преподобного Кирилла, впоследствии игумена Белозерского (+1427; память 9/22 июня). Он подвизался в посте, молитве, чтении Слова Божия.

Однажды Симонов монастырь посетил святитель Фотий (+1431; память 2/15 июля), митрополит Московский. После молебна, преподав благословение архимандриту и братии, святитель Фотий пожелал благословить иноков, исполнявших послушание на монастырских работах. Когда он пришел в пекарню, то увидел уснувшего от многих трудов инока Иону, правая рука которого была согнута в благословляющем жесте. Святитель Фотий просил не будить его, благословил спящего инока и пророчески предсказал присутствовавшим, что этот монах будет великим святителем Русской Церкви и многих наставит на путь спасения.

Предсказание Святителя исполнилось. Через несколько лет, в 1431г., святитель Иона был поставлен епископом Рязани и Мурома. Немало трудов положил он на то, чтобы обратить ко Христу иноверных жителей своей епархии. Вскоре после кончины митрополита Фотия святитель Иона возглавил Русскую Православную Церковь. В 1432 году он именуется «нареченным в Святейшую митрополию Русскую». Для посвящения митрополита ему следовало выехать в Константинополь к Патриарху Иосифу II (1416-1439). Но его остановила разгоревшаяся междоусобная борьба за великокняжеский престол между внуком Димитрия Донского великим князем Василием II Васильевичем, получившим престол по наследству в 1425 г., и его дядей, звенигородским князем Юрием Дмитриевичем, претендующим на престол по обычаям старины.

В это время литовский князь Свидригайло в обход Москвы послал в Константинополь к патриарху для посвящения в митрополиты литовского епископа Смоленского Герасима (в начале XV века Смоленск был временно присоединен к Литовскому княжеству). Епископ Герасим был возведен в Константинополе в сан митрополита всея Руси, но недолго он оставался во главе Русской церкви. В 1435 году, заподозренный князем Свидригайло в измене, он был схвачен и сожжен в Витебске.

После кончины митрополита Герасима, казалось, что никакого соперника у Ионы теперь не должно быть. Епископ Иона отправляется в столицу Византии. Но там он узнает, что Патриарх Иосиф уже поставил на Русскую митрополию ловкого и хитрого грека Исидора.

Недолго пробыв в Киеве и Москве, Исидор отправился на Флорентийский собор (1438), выставляемый им как Вселенский. На Соборе Исидор принял унию и за это был даже назначен папским кардиналом. Возвратившись в Москву, он вместо Вселенского патриарха стал поминать на богослужениях Римского Папу! Не растерялся, кажется, один только Василий Васильевич. Назвав Исидора лютым волком, а не пастырем, он повелел заключить его в Чудов монастырь (в марте 1441) под стражу. При этом сам Исидор от покаяния и от отречения от унии отказался. В сентябре 1441 года, видимо с ведома Василия II, он бежал в Тверь, затем в Великое княжество Литовское и Рим, где умер в 1463 году.

Немедленно был созван Собор русских иерархов, который осудил «Исидорово все дело». Когда стало окончательно ясно, что Константинопольский Патриарх согласился на унию, Русская Церковь стала на защиту чистоты Православия. В декабре 1448 года в Москве был созван церковный Собор для избрания Предстоятеля Русской Церкви. Святитель Иона был избран митрополитом Всероссийским с титулом «Киевский и всея Руси». Местом пребывания он избрал Москву, поэтому именуется также митрополитом Московским. Так прекратилась зависимость Русской Церкви от Константинополя и было положено начало автокефалии.

Заняв уже на вполне законных основаниях престол митрополита, Иона, всецело стоявший на стороне Василия Васильевича, стал с еще большим усердием помогать ему в междоусобной борьбе с шемякинской смутой. Он собрал против Шемяки Собор и подверг его отлучению. К пастве же Иона обратился с грозным посланием, что не будет никому его благословения, если не примут власти великого князя. В своих увещевательных грамотах он подчеркивал, что Василий Васильевич борется за общерусское дело, в то время как враги его являются пособниками татар.

Возглавляя Всероссийскую кафедру, святитель Иона прежде всего позаботился об улучшении отношений между Москвой и Литовским княжеством. Благодаря этому ему удалось присоединить к Москве юго-западные епархии. Святитель Иона положил большие усилия на благоустройство возвращенных епархий и на искоренение в них униатства. Он призывал к миру и прекращению междоусобия, объяснял вред ярости и гнева, учил покаянию и послушанию.

Особенно заботился святитель Иона о духовно-нравственном совершенствования своей паствы. В учительных грамотах он назидал помнить о спасении души, быть милосердными, добросовестно относиться к своим гражданским обязанностям. Святитель Иона строго требовал соблюдения христианских заповедей от священнослужителей. Указывая на величие священнического сана, он призывал клириков к достойному прохождению пастырского служения. Особое старание проявлял святитель Иона в выборе достойных кандидатов на архиерейские кафедры.

Большое внимание уделял он монашеским обителям, заботился об их нуждах, о строгом соблюдении иноческих правил. При своем высоком сане он по-прежнему не оставлял личных монашеских подвигов. Проявляя попечение о храмах Божиих, святитель обновил и благолепно украсил первопрестольный Успенский собор в Московском Кремле. Он придал особую торжественность богослужениям, увеличив число чтецов и певцов. В 1450 году, по благословению святителя Ионы, были воздвигнуты каменные митрополичьи палаты.

Живя по заповедям Божиим и строго соблюдая монашеские обеты, святитель Иона получил от Господа дар чудотворений и прозорливости. По его молитвам исцелялись болящие различными недугами. Так, по молитве его исцелилась от тяжелой болезни дочь великого князя. Видя это, один неверный стал говорить, что княжна исцелилась сама по себе. «Сын мой! Не сомневайся ни в чем, ибо невозможное людям возможно Богу», — усовестил его Иона, призвав к себе. Тот, не вняв увещаниям, стал изрекать богохульства. «Пусть свяжется язык твой, — остановил его Иона и предрек: — Вместо девицы, бывшей при смерти, умрешь ты!» И тотчас богохульник упал на землю безгласным…

Таким же строгим оказалось наказание Божие и для одного нерадивого инока. Ему поручено было поить приходящих нищих, но когда к нему обратилась одна вдова, он отослал ее восвояси: «Уйди, теперь еще не время давать пить».

«Брат! Не знаешь, какую оскорбил ты вдову. Она — угодница Божия, — сказал иноку Иона, узнав о его проступке. — За это Господь покарает тебя. Пойди и покайся в грехах своих, ибо настало время тебе умереть...»

В 1451 г., когда ногайский хан Мазовши подступил к Москве, Иона решил совершить крестный ход вокруг города. Заметив в пути престарелого монаха Чудова монастыря Антония, он и его попросил молиться о спасении Москвы. «Услышала Царица Небесная молитвы твои, — отвечал Ионе Антоний, — враги скоро будут побеждены. Только мне одному суждено от Господа быть убитому врагами». Едва старец сказал это, как вражеская стрела пронзила его. Предсказание старца Антония сбылось: 2 июля, в праздник положения Ризы Пресвятой Богородицы, в рядах татар произошло смятение, и они в неведомом страхе и ужасе обратились в бегство. Святитель Иона вскоре построил на своем дворе храм в честь положения Ризы Пресвятой Богородицы в память избавления Москвы от врагов».

Святитель Иона отошел ко Господу в глубокой старости 31 марта 1461 года , во время молитвы в два часа дня во вторник Страстной седмицы. За несколько дней до того он предузнал от Господа время своей блаженной кончины. Готовясь предать душу свою в руки Божии, он благословил великого князя, его потомство и весь русский народ. Святитель был погребен в соборном храме, за левым клиросом.

В 1472 г. при перестройке Успенского собора Кремля были обретены нетленными его мощи (празднование перенесения святых мощей совершается 27 мая). Установленное в 1472 г. местное празднование митрополиту Ионе в 1547 г. было заменено на общецерковное.

У честных мощей святителя Ионы были явлены многие чудеса исцеления. Рассказывают, в частности, об одном исцелившемся немом Иоанне. Приложившись к честным мощам Ионы, он поцеловал руку святителя. И показалось ему, что рука крепко схватила его за язык. Иоанн закричал от страха и боли. Народ, стоявший рядом, впал в недоумение: отчего немой кричит? Оттого, что разрешился от немоты.

Тропарь Ионе, митр. Московскому и всея России, чудотв.:
Ярем Господень измлада восприим, /
и Того стопам невозвратным желанием последовал еси, /
и освященнаго подвига достигл, /
святительства паству приим и чудес от Бога дары прият, /
с верою приходящим к раце мощей твоих /
подаеши различным недугом исцеление неоскудно, /
отче наш Ионо, святителю Христов, /
моли Христа Бога даровати нам велию милость.